Données microbiologiques des pneumopathies aigues communautaires pédiatriques

La pneumopathie infectieuse reste un problème majeur de santé publique en pédiatrie, en termes de morbidité et de coûts associés. Elle affecte plus de 2 millions d’enfants âgés de moins de 5 ans chaque année et constitue aux Etats-Unis l'une des causes les plus fréquentes d'hospitalisation chez les sujets de moins de 18 ans. Les données épidémiologiques, cliniques et microbiologiques sont toutefois moins documentées chez les enfants âgés de plus de 5 ans, ou traités en ambulatoire.

Une étude observationnelle, prospective et multicentrique conçue pour préciser les caractéristiques cliniques et microbiologiques de la pneumopathie aiguë communautaire en population pédiatrique, hospitalisée mais aussi ambulatoire, a été réalisée aux Etats-Unis entre 2015 et 2018. Les patients, du nourrisson âgé de 2 mois au jeune adulte âgé de 18 ans, sans comorbidité, ont été inclus dans six hôpitaux de l’Ohio (consultation aux urgences ou hospitalisation). Les critères d’inclusion étaient la preuve d’une infection aiguë, une symptomatologie respiratoire et un diagnostic radiologique en faveur d’une pneumopathie. Chaque patient a bénéficié de la réalisation d’un prélèvement nasopharyngé pour étude microbiologique et de prélèvements sanguins au diagnostic de pneumopathie ou dans les 24 heures suivant l’hospitalisation. Des hémocultures ainsi que des analyses microbiologiques du liquide pleural étaient recueillies le cas échéant. Dans les écouvillons nasopharyngés, une PCR a été réalisée pour la détection de 14 virus respiratoires et de 3 bactéries atypiques ; la PCR pour Streptococcus pneumoniae, S. pyogenes, S.aureus et Mycoplasma pneumoniae ayant été réalisée sur des échantillons de liquide pleural. Les tests sérologiques pour identification virale n’étaient pas disponibles. Entre juillet et octobre 2017 et en juin 2018, des témoins asymptomatiques ont également été inclus en tant que contrôles pour la détection d'agents pathogènes, via les services de chirurgie ou de soins primaires. Les témoins ont été exclus s'ils présentaient des signes ou des symptômes d'infection ou de maladie aiguë dans les 2 semaines suivant l'inclusion. L’étude a fait l’objet d’une publication récente dans The Pediatric Infectious Disease Journal.

Quatre cent quarante-et-un patients ont été inclus : 380 sujets hospitalisés d’âge médian 4,9 ans (2,0-8,9), et 61 sujets ambulatoires d’âge médian 5,1 ans (2,6-9,5). L’âge médian des témoins était 7,1 ans (3,7-13,2).
- Des écouvillons nasopharyngés ont été obtenus chez tous les enfants. Des hémocultures ont été obtenues chez 292 (76,8 %) patients hospitalisés et 17 (27,9 %) patients ambulatoires; du liquide pleural a été prélevé chez 22 (5,8 %) patients hospitalisés. Un agent pathogène a été mis en évidence chez 64,6 % des patients : un virus dans 55,6 % des cas, une bactérie atypique dans 8,8 % des cas et un pyogène dans 4,3% des cas. Chez 4,1% des patients, virus et bactéries étaient mis en évidence simultanément. Les rhinovirus/entérovirus (18,6%) et le virus respiratoire syncytial (VRS ; 16,8%) étaient les virus les plus fréquents, tandis que Mycoplasma pneumoniae (8,2%) et Streptococcus pneumoniae (2,3%) étaient les bactéries les plus courantes. À l'exception de S. pneumoniae, identifié exclusivement chez les patients hospitalisés (sous réserve du faible échantillon de patients ambulatoires, et du type de prélèvement), il n'y avait pas de différence significative en termes de données microbiologiques entre les patients qu’ils soient hospitalisés ou non. Rhinovirus/entérovirus, VRS et le métapneumovirus humain étaient plus fréquents chez les enfants de moins de 5 ans, à la différence de M. pneumoniae ou des pneumopathies non documentées volontiers chez des enfants plus âgés. En outre, un tiers des enfants infectés n’avaient pas d'agent pathogène identifié malgré l'évaluation diagnostique réalisée. Ce groupe d'enfants présentait une proportion élevée de foyers radiologiques constitués et de marqueurs inflammatoires élevés, suggérant une vraisemblable étiologie bactérienne non documentée. A noter par ailleurs que les taux de détection du rhinovirus et de l'adénovirus chez les patients hospitalisés et les patients ambulatoires n'étaient pas significativement différents de ceux des témoins sains. Les auteurs discutent le rôle causal de ces virus chez les enfants atteints d'infections respiratoires : les rhinovirus/entérovirus et adénovirus pourraient être détectés chez les enfants atteints de pneumopathie aiguë communautaire, sans être nécessairement l'agent pathogène étiologique. Par conséquent, la détection de ces virus respiratoires chez ces enfants doit être interprétée avec prudence. 

Au total, dans cette étude menée sur 32 mois (dont 3 saisons respiratoires) chez des patients essentiellement hospitalisés, les agents étiologiques documentés étaient le plus souvent viraux, le rhinovirus et le VRS ayant la prévalence la plus élevée. Alors que le VRS était le virus respiratoire le plus souvent identifié chez les enfants atteints d'infections respiratoires graves, le rhinovirus était plus difficile à interpréter comme l'agent étiologique de la pneumopathie car il pouvait être mis en évidence chez les enfants asymptomatiques sains. M. pneumoniae et S. pneumoniae étaient les pathogènes bactériens les plus fréquemment détectés. D’après les auteurs : «  De manière similaire à d'autres études sur l'étiologie de la pneumonie chez les enfants, il pourrait y avoir un dilemme diagnostique de faible spécificité pour l'étiologie virale et de faible sensibilité pour les agents pathogènes bactériens. » Ainsi, il serait intéressant de mettre en œuvre des outils améliorés pour le diagnostic étiologique en particulier bactériologique des pneumopathies en pédiatrie, telles les techniques de séquençage de nouvelle génération pour détecter un agent pathogène manqué ou non identifié. L'analyse transcriptionnelle de la réponse immunitaire de l'hôte pour discriminer l'étiologie pourrait être une autre approche potentielle pour optimiser le diagnostic étiologique.