02/06/2022
Données microbiologiques des pneumopathies aigues communautaires pédiatriques
Pédiatrie Infectiologie
La
pneumopathie infectieuse reste un problème majeur de santé publique en
pédiatrie, en termes de morbidité et de coûts associés. Elle affecte plus de 2
millions d’enfants âgés de moins de 5 ans chaque année et constitue aux
Etats-Unis l'une des causes les plus fréquentes d'hospitalisation chez les
sujets de moins de 18 ans. Les données épidémiologiques, cliniques et
microbiologiques sont toutefois moins documentées chez les enfants âgés de plus
de 5 ans, ou traités en ambulatoire.
Une étude observationnelle,
prospective et multicentrique conçue pour préciser les
caractéristiques cliniques et microbiologiques de la pneumopathie aiguë
communautaire en population pédiatrique, hospitalisée mais aussi ambulatoire, a
été réalisée aux Etats-Unis entre 2015 et 2018. Les patients, du nourrisson
âgé de 2 mois au jeune adulte âgé de 18 ans, sans comorbidité, ont
été inclus dans six hôpitaux de l’Ohio (consultation aux urgences ou
hospitalisation). Les critères d’inclusion étaient la preuve d’une infection
aiguë, une symptomatologie respiratoire et un diagnostic radiologique en faveur
d’une pneumopathie. Chaque patient a bénéficié de la réalisation d’un prélèvement
nasopharyngé pour étude microbiologique et de prélèvements sanguins au
diagnostic de pneumopathie ou dans les 24 heures suivant l’hospitalisation.
Des hémocultures ainsi que des analyses microbiologiques du liquide
pleural étaient recueillies le cas échéant. Dans les écouvillons
nasopharyngés, une PCR a été réalisée pour la détection de 14 virus
respiratoires et de 3 bactéries atypiques ; la PCR pour Streptococcus
pneumoniae, S. pyogenes, S. aureus et Mycoplasma pneumoniae
ayant été réalisée sur des échantillons de liquide pleural. Les tests
sérologiques pour identification virale n’étaient pas disponibles. Entre
juillet et octobre 2017 et en juin 2018, des témoins asymptomatiques ont
également été inclus en tant que contrôles pour la détection d'agents pathogènes,
via les services de chirurgie ou de soins primaires. Les témoins ont été exclus
s'ils présentaient des signes ou des symptômes d'infection ou de maladie aiguë
dans les 2 semaines suivant l'inclusion. L’étude a fait l’objet d’une
publication récente dans The Pediatric Infectious Disease Journal.
Quatre
cent quarante-et-un patients ont été inclus : 380 sujets hospitalisés
d’âge médian 4,9 ans (2,0-8,9), et 61 sujets ambulatoires d’âge médian 5,1 ans (2,6-9,5).
L’âge médian des témoins était 7,1 ans (3,7-13,2).
- Les
enfants âgés de 2 à 5 ans (27,1 %) constituaient le groupe le plus important
parmi les patients hospitalisés, et les enfants de 5 à 10 ans (31,1 %) le
groupe d’âge prédominant parmi les patients ambulatoires. Les taux de
vaccination étaient similaires chez les patients hospitalisés et ambulatoires. La
tachypnée et la présence d’un foyer radiographique et/ou épanchement pleural
ont été associées à l’hospitalisation. La durée médiane d'hospitalisation était 2
jours, le recours à l’oxygénothérapie 48,7%, la proportion d'admissions en USI
de 15% et la proportion de patients sous ventilation mécanique invasive de 4,9%.
L'antibiothérapie pendant l'hospitalisation était quasi systématique (99,2%). Elle
était également prescrite pour 95,1 % des patients ambulatoires.
- Des écouvillons nasopharyngés ont été obtenus chez
tous les enfants. Des hémocultures ont été obtenues chez 292 (76,8 %) patients
hospitalisés et 17 (27,9 %) patients ambulatoires; du liquide pleural a été
prélevé chez 22 (5,8 %) patients hospitalisés. Un agent pathogène a été mis
en évidence chez 64,6 % des patients : un virus dans 55,6 % des cas, une
bactérie atypique dans 8,8 % des cas et un pyogène dans 4,3% des cas. Chez
4,1% des patients, virus et bactéries étaient mis en évidence simultanément. Les
rhinovirus/entérovirus (18,6%) et le virus respiratoire syncytial
(VRS ; 16,8%) étaient les virus les plus fréquents, tandis que Mycoplasma
pneumoniae (8,2%) et Streptococcus pneumoniae (2,3%)
étaient les bactéries les plus courantes. À l'exception de S. pneumoniae,
identifié exclusivement chez les patients hospitalisés (sous réserve du faible
échantillon de patients ambulatoires, et du type de prélèvement), il n'y avait
pas de différence significative en termes de données microbiologiques entre les
patients qu’ils soient hospitalisés ou non. Rhinovirus/entérovirus, VRS et le métapneumovirus
humain étaient plus fréquents chez les enfants de moins de 5 ans, à la
différence de M. pneumoniae ou des pneumopathies non documentées
volontiers chez des enfants plus âgés. En outre, un tiers des enfants infectés
n’avaient pas d'agent pathogène identifié malgré l'évaluation diagnostique réalisée.
Ce groupe d'enfants présentait une proportion élevée de foyers radiologiques constitués
et de marqueurs inflammatoires élevés, suggérant une vraisemblable étiologie bactérienne
non documentée. A noter par ailleurs que les taux de détection du
rhinovirus et de l'adénovirus chez les patients hospitalisés et les patients
ambulatoires n'étaient pas significativement différents de ceux des témoins
sains. Les auteurs discutent le rôle causal de ces virus chez les enfants
atteints d'infections respiratoires : les rhinovirus/entérovirus et
adénovirus pourraient être détectés chez les enfants atteints de pneumopathie
aiguë communautaire, sans être nécessairement l'agent pathogène étiologique.
Par conséquent, la détection de ces virus respiratoires chez ces enfants doit être
interprétée avec prudence.
Au total, dans
cette étude menée sur 32 mois (dont 3 saisons respiratoires) chez des patients
essentiellement hospitalisés, les agents étiologiques documentés étaient le
plus souvent viraux, le rhinovirus et le VRS ayant la prévalence la
plus élevée. Alors que le VRS était le virus respiratoire le plus souvent
identifié chez les enfants atteints d'infections respiratoires graves, le rhinovirus
était plus difficile à interpréter comme l'agent étiologique de la pneumopathie
car il pouvait être mis en évidence chez les enfants asymptomatiques sains.
M. pneumoniae et S. pneumoniae étaient les pathogènes
bactériens les plus fréquemment détectés. D’après les
auteurs : « De manière similaire à d'autres études sur
l'étiologie de la pneumonie chez les enfants, il pourrait y avoir un dilemme
diagnostique de faible spécificité pour l'étiologie virale et de faible
sensibilité pour les agents pathogènes bactériens. » Ainsi, il serait intéressant
de mettre en œuvre des outils améliorés pour le diagnostic étiologique en
particulier bactériologique des pneumopathies en pédiatrie, telles les
techniques de séquençage de nouvelle génération pour détecter un agent
pathogène manqué ou non identifié. L'analyse transcriptionnelle de la réponse
immunitaire de l'hôte pour discriminer l'étiologie pourrait être une autre
approche potentielle pour optimiser le diagnostic étiologique.
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